MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Haloarcula hispanica ATCC 33960 chromosome II

Total Repeats: 10408

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015943	GCC	2	6	75	80	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	344209486
2	NC_015943	CAG	2	6	222	227	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	344209486
3	NC_015943	ACCG	2	8	285	292	25 %	0 %	25 %	50 %	344209486
4	NC_015943	TGT	2	6	320	325	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	344209486
5	NC_015943	TGA	2	6	372	377	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	344209486
6	NC_015943	ATG	2	6	395	400	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	344209486
7	NC_015943	ATG	2	6	560	565	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	344209486
8	NC_015943	CGAA	2	8	566	573	50 %	0 %	25 %	25 %	344209486
9	NC_015943	TGA	2	6	636	641	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	344209486
10	NC_015943	GGCG	2	8	672	679	0 %	0 %	75 %	25 %	344209486
11	NC_015943	TG	3	6	692	697	0 %	50 %	50 %	0 %	344209486
12	NC_015943	TCA	2	6	791	796	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	344209486
13	NC_015943	TTG	2	6	827	832	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	344209486
14	NC_015943	CGA	2	6	849	854	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	344209486
15	NC_015943	CT	3	6	887	892	0 %	50 %	0 %	50 %	344209486
16	NC_015943	GGA	2	6	915	920	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	344209486
17	NC_015943	TAGACG	2	12	1049	1060	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	344209486
18	NC_015943	GGC	2	6	1081	1086	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	344209486
19	NC_015943	CG	3	6	1114	1119	0 %	0 %	50 %	50 %	344209486
20	NC_015943	GTT	2	6	1164	1169	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	344209486
21	NC_015943	CGA	2	6	1187	1192	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	344209486
22	NC_015943	CAA	3	9	1232	1240	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_015943	ATA	2	6	1281	1286	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015943	TGA	2	6	1335	1340	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015943	CGAGA	2	10	1403	1412	40 %	0 %	40 %	20 %	344209487
26	NC_015943	AGCGGG	2	12	1443	1454	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	344209487
27	NC_015943	GGA	3	9	1462	1470	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	344209487
28	NC_015943	GGCCGA	2	12	1543	1554	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	344209487
29	NC_015943	ATC	2	6	1577	1582	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	344209487
30	NC_015943	CAG	2	6	1600	1605	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	344209487
31	NC_015943	C	6	6	1632	1637	0 %	0 %	0 %	100 %	344209487
32	NC_015943	GTT	2	6	1714	1719	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	344209487
33	NC_015943	TCG	2	6	1776	1781	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209487
34	NC_015943	TCG	2	6	1791	1796	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209487
35	NC_015943	ATC	2	6	1875	1880	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	344209487
36	NC_015943	CT	3	6	1947	1952	0 %	50 %	0 %	50 %	344209487
37	NC_015943	ATGG	2	8	2075	2082	25 %	25 %	50 %	0 %	344209487
38	NC_015943	GCG	2	6	2136	2141	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	344209487
39	NC_015943	GT	3	6	2146	2151	0 %	50 %	50 %	0 %	344209487
40	NC_015943	TCGT	2	8	2159	2166	0 %	50 %	25 %	25 %	344209487
41	NC_015943	GCC	3	9	2169	2177	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	344209487
42	NC_015943	CGAG	2	8	2187	2194	25 %	0 %	50 %	25 %	344209487
43	NC_015943	ATG	2	6	2195	2200	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	344209487
44	NC_015943	CGAG	2	8	2227	2234	25 %	0 %	50 %	25 %	344209487
45	NC_015943	TG	3	6	2310	2315	0 %	50 %	50 %	0 %	344209487
46	NC_015943	GCT	2	6	2355	2360	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209487
47	NC_015943	CTGC	2	8	2396	2403	0 %	25 %	25 %	50 %	344209487
48	NC_015943	GAT	2	6	2444	2449	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	344209487
49	NC_015943	GGC	2	6	2465	2470	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	344209487
50	NC_015943	CG	3	6	2486	2491	0 %	0 %	50 %	50 %	344209487
51	NC_015943	GTT	2	6	2578	2583	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	344209487
52	NC_015943	CTT	2	6	2629	2634	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	344209487
53	NC_015943	GGC	2	6	2650	2655	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	344209487
54	NC_015943	GCC	2	6	2720	2725	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	344209487
55	NC_015943	TCG	3	9	2733	2741	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209487
56	NC_015943	GAC	2	6	2810	2815	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	344209487
57	NC_015943	GAC	2	6	2846	2851	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	344209487
58	NC_015943	CCT	2	6	2893	2898	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	344209487
59	NC_015943	CGA	2	6	2938	2943	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	344209487
60	NC_015943	CGCC	2	8	2954	2961	0 %	0 %	25 %	75 %	344209487
61	NC_015943	GCG	2	6	3063	3068	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	344209487
62	NC_015943	ATC	2	6	3072	3077	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	344209487
63	NC_015943	ACC	2	6	3136	3141	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	344209487
64	NC_015943	GCC	2	6	3167	3172	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	344209487
65	NC_015943	GAG	2	6	3179	3184	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	344209487
66	NC_015943	CCT	2	6	3256	3261	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	344209487
67	NC_015943	TCG	2	6	3288	3293	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209487
68	NC_015943	TCGA	2	8	3315	3322	25 %	25 %	25 %	25 %	344209487
69	NC_015943	TCG	2	6	3375	3380	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209487
70	NC_015943	GT	3	6	3436	3441	0 %	50 %	50 %	0 %	344209487
71	NC_015943	GC	4	8	3462	3469	0 %	0 %	50 %	50 %	344209487
72	NC_015943	CGC	2	6	3478	3483	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	344209487
73	NC_015943	TCG	2	6	3491	3496	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209487
74	NC_015943	TGTAC	2	10	3560	3569	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_015943	TCTG	2	8	3603	3610	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_015943	C	6	6	3654	3659	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
77	NC_015943	TGA	2	6	3677	3682	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015943	CGG	2	6	3703	3708	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	344209488
79	NC_015943	GTC	2	6	3795	3800	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209488
80	NC_015943	CCG	2	6	3869	3874	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	344209488
81	NC_015943	GCC	2	6	3951	3956	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	344209488
82	NC_015943	AATG	2	8	4126	4133	50 %	25 %	25 %	0 %	344209488
83	NC_015943	CGA	2	6	4153	4158	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	344209488
84	NC_015943	AGT	2	6	4278	4283	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	344209488
85	NC_015943	CTC	2	6	4328	4333	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	344209488
86	NC_015943	CCT	2	6	4390	4395	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	344209488
87	NC_015943	TCG	2	6	4417	4422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209488
88	NC_015943	CAC	2	6	4474	4479	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	344209488
89	NC_015943	CCG	2	6	4533	4538	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	344209488
90	NC_015943	GTTC	2	8	4585	4592	0 %	50 %	25 %	25 %	344209488
91	NC_015943	CGC	2	6	4631	4636	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	344209488
92	NC_015943	CGT	2	6	4733	4738	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209488
93	NC_015943	GAG	2	6	4840	4845	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015943	CGA	2	6	4866	4871	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_015943	TTC	2	6	4877	4882	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_015943	ATCGA	2	10	5029	5038	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_015943	GTAT	2	8	5063	5070	25 %	50 %	25 %	0 %	344209489
98	NC_015943	ACT	2	6	5096	5101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	344209489
99	NC_015943	GC	3	6	5150	5155	0 %	0 %	50 %	50 %	344209489
100	NC_015943	ACA	2	6	5221	5226	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	344209489
101	NC_015943	GAA	2	6	5240	5245	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	344209489
102	NC_015943	GC	3	6	5286	5291	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
103	NC_015943	GCT	2	6	5307	5312	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_015943	ATGG	2	8	5336	5343	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015943	GT	3	6	5344	5349	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015943	AGT	2	6	5509	5514	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015943	ATC	2	6	5529	5534	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_015943	GAAT	2	8	5564	5571	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015943	TC	3	6	5650	5655	0 %	50 %	0 %	50 %	344209490
110	NC_015943	TTC	2	6	5665	5670	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	344209490
111	NC_015943	TGC	2	6	5690	5695	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209490
112	NC_015943	ACA	2	6	5725	5730	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	344209490
113	NC_015943	AAC	2	6	5782	5787	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	344209490
114	NC_015943	GAC	2	6	5793	5798	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	344209490
115	NC_015943	AGT	2	6	5844	5849	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	344209490
116	NC_015943	GACG	2	8	5859	5866	25 %	0 %	50 %	25 %	344209490
117	NC_015943	TA	3	6	5878	5883	50 %	50 %	0 %	0 %	344209490
118	NC_015943	CCA	2	6	5899	5904	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	344209490
119	NC_015943	CGT	2	6	5915	5920	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209490
120	NC_015943	GAC	2	6	5960	5965	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	344209490
121	NC_015943	GTAT	2	8	6020	6027	25 %	50 %	25 %	0 %	344209490
122	NC_015943	CTG	2	6	6067	6072	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209490
123	NC_015943	ACTCTG	2	12	6082	6093	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	344209490
124	NC_015943	GGT	2	6	6106	6111	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	344209490
125	NC_015943	ATCG	2	8	6114	6121	25 %	25 %	25 %	25 %	344209490
126	NC_015943	GTCG	2	8	6191	6198	0 %	25 %	50 %	25 %	344209490
127	NC_015943	TGG	2	6	6236	6241	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	344209490
128	NC_015943	ACT	2	6	6351	6356	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	344209490
129	NC_015943	GCC	2	6	6399	6404	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	344209490
130	NC_015943	TGC	2	6	6439	6444	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209490
131	NC_015943	GCGG	2	8	6456	6463	0 %	0 %	75 %	25 %	344209490
132	NC_015943	ATC	2	6	6513	6518	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	344209490
133	NC_015943	CGGT	2	8	6529	6536	0 %	25 %	50 %	25 %	344209490
134	NC_015943	GTG	2	6	6571	6576	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	344209490
135	NC_015943	GT	3	6	6592	6597	0 %	50 %	50 %	0 %	344209490
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152	NC_015943	TGG	2	6	7341	7346	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	344209492
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157	NC_015943	GAC	2	6	7697	7702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_015943	GTT	2	6	7717	7722	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
159	NC_015943	AAAT	2	8	7725	7732	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_015943	TTG	2	6	7752	7757	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
161	NC_015943	GAT	2	6	7782	7787	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	344209493
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167	NC_015943	GTG	2	6	8155	8160	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
168	NC_015943	CT	4	8	8211	8218	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
169	NC_015943	GTCC	2	8	8275	8282	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
170	NC_015943	TGA	2	6	8296	8301	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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178	NC_015943	TG	3	6	8509	8514	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
179	NC_015943	TA	3	6	8549	8554	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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194	NC_015943	GA	3	6	9508	9513	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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272	NC_015943	TC	3	6	13894	13899	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
273	NC_015943	GTC	2	6	13969	13974	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
274	NC_015943	TTA	2	6	14039	14044	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
275	NC_015943	GCC	2	6	14078	14083	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	344209495
276	NC_015943	CTG	2	6	14111	14116	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209495
277	NC_015943	CTG	2	6	14129	14134	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209495
278	NC_015943	CGA	2	6	14194	14199	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	344209495
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280	NC_015943	TCG	2	6	14256	14261	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209495
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387	NC_015943	C	6	6	19513	19518	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
388	NC_015943	TC	3	6	19549	19554	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
389	NC_015943	TAGT	2	8	19569	19576	25 %	50 %	25 %	0 %	344209503
390	NC_015943	CGG	2	6	19615	19620	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	344209503
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400	NC_015943	TCG	2	6	20031	20036	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
401	NC_015943	CTC	2	6	20210	20215	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
402	NC_015943	CTGG	2	8	20288	20295	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
403	NC_015943	GTC	2	6	20355	20360	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209506
404	NC_015943	CGG	2	6	20378	20383	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	344209506
405	NC_015943	AGG	2	6	20407	20412	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	344209506
406	NC_015943	AAGCCG	2	12	20428	20439	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	344209506
407	NC_015943	TCG	3	9	20456	20464	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209506
408	NC_015943	CTC	2	6	20486	20491	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	344209506
409	NC_015943	TCG	2	6	20540	20545	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209506
410	NC_015943	TG	3	6	20749	20754	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
411	NC_015943	CGCT	2	8	20868	20875	0 %	25 %	25 %	50 %	344209507
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419	NC_015943	GACT	2	8	21333	21340	25 %	25 %	25 %	25 %	344209507
420	NC_015943	GGCT	2	8	21346	21353	0 %	25 %	50 %	25 %	344209507
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